FOFCC內部按職能設有四個部：頒證管理部、質量控制部、人力資源部、行政部。
質量控制部 負責對認證單位有機生產、加工質量跟蹤審查；內部質量體系文件的制定、修改及管理；技術檔案管理；受理申、投訴等。
頒證管理部 負責制定下達認證檢查任務，指派認證檢查員到現(xiàn)場檢查，采集必要的樣品；復核認證檢查報告及相關的信息資料后報技術委員會。對符合認證標準的生產、加工單位及產品按管理程序頒發(fā)認證證書、銷售證書或有機防偽追溯標簽（有機碼）。
人力資源部 負責人力資源管理；FOFCC網(wǎng)站的日常管理；公開認證信息；國內外信息交流；內部技術培訓；開展合作研究
行政部 負責受理有機認證申請；人事檔案、文件管理；財務管理；后勤保障。
FOFCC另設管理委員會確保認證的規(guī)范性、公證性。管理委員會成員由農業(yè)專家、環(huán)保專家、監(jiān)管部門代表、消費者代表以及FOFCC獲證企業(yè)代表組成，任何一方都不占支配地位，不參與公司具體事務，只對重大決策監(jiān)控。其宗旨，確保FOFCC認證活動規(guī)范、公正、公平。主要職責如下：
（1）監(jiān)督FOFCC貫徹、執(zhí)行國家認監(jiān)委有機食品認證管理方面的政策、法規(guī)情況。
（2）收集社會各方面對FOFCC有機產品認證工作的反饋意見，對FOFCC認證工作提出整改建議和整改措施。
（3）監(jiān)督FOFCC是否規(guī)范、公正、公平、獨立地開展認證工作。
（4）對FOFCC及工作人員“違規(guī)行為”有制止和向國家認監(jiān)委反映情況的權利。